Некоммерческая организация Научный фонд теоретических и прикладных исследований «Либеральная миссия» включена в реестр иностранных агентов на основании статьи 32 Федерального закона от 12.01.1996 № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях». Решение о включении принято 25.05.2015.
Статус иностранного агента налагает на организацию дополнительные обязанности по раскрытию информации о своей деятельности и источниках финансирования. Организация обязана маркировать свои материалы указанием на статус иностранного агента.